Sekolah Tinggi Teologi Anderson Manado dapat mewujudkan citra dirinya seperti sekarang ini setelah melalui tahap-tahap perkembangan, berawal dari tekad Badan Pengurus Pusat Gereja Alkitab Anugerah (BPP GAA) yang menginginkan adanya anak-anak Tuhan terdidik yang bersedia bekerja dalam bidang pelayanan gerejawi, sehingga Pdt. Frans P. Tamarol bersama beberapa pelayan GAA di Jakarta pada tanggal 8 Agustus 1988 memulai kegiatan belajar mengajar dalam satu wadah pendidikan yang diberi nama Sekolah Teologi Injil Anugerah yang disingkat SETIA, bertempat di jalan Jati Palem no. 26 Kelurahan jati, Kecamatan Pulogadung, Jakarta Timur.

Pimpinan SETIA pertama kali dijabat oleh Pdt. Dr. Frans P. Tamarol, M.Ed., MS., sebagai Direktur, Asisten Direktur Bidang Akademik dijabat Ev. Evangston Manoppo, S.Th. dan Asisten Direktur Bidang Administrasi/ Keuangan dan Kemahasiswaan dijabat Pdt. Audy R. Ngantung, Dip.Th. Satu tahun kemudian BPP GAA membeli gedung di Jl. Cipinang Pulomaja no. 3 Cipinang Besar Utara, Jatinegara, Jakarta Timur yang digunakan sebagai Kantor BPP GAA, sekaligus sebagai kantor SETIA, tempat perkuliahan dan asrama mahasiswa.

Program Studi yang dilaksanakan adalah Teologi dan Pendidikan Agama Kristen untuk jenjang diploma dan strata satu. Keberadaan SETIA secara organisasi berada di bawah Gereja Alkitab Anugerah.

Pada tahun 1994 SETIA diterima sebagai anggota Persekutuan Antara Sekolah Teologi Injili Indonesia (PASTI) dan sejak saat itu nama SETIA diubah menjadi Sekolah Tinggi Teologi Injili Anugerah yang disingkat STTIA dengan kepemimpinan sebagai berikut: Direktur: Pdt. Frans P. Tamarol, MSc, MEd; Asisten Direktur Bidang Akademik: Pdt. Audy R. Ngantung, S.Th; Asisten Direktur Bidang Administrasi dan Keuangan: Ev. Jerry H. M. Sumanti, Dip.Th; Asisten Direktur Bidang Kemahasiswaan: Dra. Ella Sigar-Legrans. Pada Konferensi Nasional Gereja Alkitab Anugerah tahun 2000, diputuskan untuk memindahkan STTIA ke Manado bertempat di GAA Singkil sekaligus menambah nama Anderson disingkat STT IAA. Selanjutnya melalui SIdang Raya GAA XIII tahun 2008 di Manado nama STT IAA diubah lagi namanya menjadi Sekolah Tinggi Teologi Anderson Manado (STTAM) sekaligus memindahkan kedudukan kampusnya di Jalan Worang Bypass, Desa Lembean, Kecamatan Kauditan, Kabupaten Minahasa Utara, Provinsi Sulawesi Utara sampai sekarang ini.